Subito dopo il ritiro fu assunto alla guida tecnica del Mitsubishi Heavy Industries, alla sua prima retrocessione in seconda divisione: riportata la squadra in massima serie, Saitō la traghettò verso due salvezze consecutive[6][7] per poi lasciare la panchina a Takaji Mori in concomitanza della trasformazione del club in squadra professionistica[8]. Assunto nello staff tecnico del JEF United, nel 1997 allenò per un breve periodo il Kawasaki Frontale, appena passato al professionismo quindi, nel 2000, ritornò agli Urawa Red Diamonds conducendoli verso un'immediata promozione in prima divisione[9]. Concluse la propria carriera di allenatore professionista guidando la squadra delle riserve del JEF United tra il 2002 e il 2003.